• 有單晶結(jié)構(gòu)：從cif文件建立
• 無單晶結(jié)構(gòu)：GaussView建模
• ChemOffice建模

一、GaussView簡介

1、GaussView的功能

• Gaussian的配套可視化工具
• 計算模型的建立
• 輸入文件的建立
• 結(jié)果的可視化
• 軌道圖形的查看
• 振動模式的歸屬
• 光譜結(jié)果的查看

2、GaussView注意事項

不建議用Calculate向Gaussian提交計算任務(wù)

• 有冗余坐標(biāo)
• 有些非必須關(guān)鍵詞
• 輸出信息并未指定

二、從cif文件建立模型

1、單晶數(shù)據(jù)來源

• CCDC官網(wǎng)查詢已有的單晶結(jié)構(gòu)下載 https://www.ccdc.cam.ac.uk/
• 離線軟件CSD下載
• 最新的文獻(xiàn)報道的單晶
• X-射線單晶衍射

2、步驟

• 用diamond等打開cif文件，取出結(jié)構(gòu)單元
• 保存為.mol，.mol2文件格式
• 用GaussView打開再保存為.gif文件

3、從ChemOffice建模

• 使用ChemDraw建立平面結(jié)構(gòu)
• 導(dǎo)入Chem3D顯示3D結(jié)構(gòu)
• 保存為.mol2格式
• 使用GaussView打開，保存為.gif格式

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